1.净化工程设计不合理
其实这种情况还是比较少的，就算有的话，一般也都是出现在小型的、净化级别要求不高的洁净室建造上。现在净化的竞争比较激烈，一些施工单位为了获得工程，在投标中给出了较低的报价。在后期施工中，利用一些单位不太懂行的情况，偷工减料，使用功率较低的空调通风压缩机组，使送风功率与净化面积不匹配，导致洁净度不合格。还有另外一个原因，是使用单位在设计施工开始后，又增加了新的要求和净化面积，这也会使原先的净化工程设计不能达到要求。这种先天性的缺陷是难以改进的，要在工程设计阶段避免。个别施工单位在验收时，预先堵塞部分送风口，以图蒙混过关。
2.用低档产品替代产品
在高效过滤器的使用上面，根据国家的一些相关规定，在洁净度10万级或者是高于10万级以上的空气净化处理，应采用初效、中效、高效过滤器的三级过滤。而在验证过程中，某大型净化工程在l万级的净化级别上采用亚高效空气过滤器代替高效空气过滤器，从而造成了GMP净化车间洁净度不合格。更换了高效过滤器才符合了GMP认证的要求。
3.送风管或过滤器密封不好
出现这种情况往往都是由于施工粗糙所导致的，在验收的时候一般都会表现出在同一系统中某个房间或局部不合格，改进的方法是，送风管采用漏光试验法检漏，过滤器用粒子计数器对过滤器的断面、封胶、安装框架进行扫描，找出泄露位置，精心密封。
